Hasta la fecha, el CIPI ha encarado o se encuentra ejecutando proyectos de investigación se enmarcan en los programas siguientes:
- Proyectos de Investigación del Programa de Recursos Naturales y Biodiversidad
- Proyectos de Investigación del Programa de Desarrollo Industrial Ecológicamente Sostenible y Prevención de la Contaminación
- Proyectos de Investigación del Programa de Eficiencia Energética
- Proyectos de Investigación del Programa de Automatización y Mecatrónica