El CIPI se ha creado con el propósito de realizar estudios de carácter técnico - científico que tienen como objetivo primordial, la mejora de la competitividad y la productividad de las empresas industriales de la región y el país, dentro del marco de desarrollo industrial ecológicamente sostenible.
Se han identificado y priorizado cuatro áreas de investigación que se ejecutarán a través de cuatro programas:
a) Programa de Recursos Naturales, que involucra el desarrollo de productos y procesos industriales aprovechando los recursos naturales y la biodiversidad boliviana.
b) Programa de Desarrollo Industrial Ecológicamente Sostenible, con la aplicación de técnicas de producción más limpia y tratamiento de residuos en las industrias establecidas.
c) Programa de Eficiencia y Optimización Energética en la industria nacional y
d) Programa de Control y Mecatrónica, que estudiará la optimización de procesos productivos a través de la aplicación de sistemas de monitoreo y control automático con el uso de tecnologías avanzadas de información y comunicación.