En el CIPI se busca promover la productividad y la competitividad de las empresas industriales de la región y el país, dentro del marco de desarrollo industrial ecológicamente sostenible. Sus líneas de investigación son, principalmente, el desarrollo de productos y procesos industriales que valoricen la biodiversidad boliviana, el tratamiento de residuos y producción limpia, la optimización energética y el control automático de procesos productivos con el uso de tecnologías avanzadas de información y comunicación.

Hasta la fecha, el CIPI ha encarado los siguientes proyectos de investigación:

1. Tratamiento de olores provenientes de los procesos de saponificación de borras de soya.
2. Minimización de residuos mediante la aplicación de técnicas de Producción Más Limpia en la empresa “Curtiembre Valenzuela”.
3. Estudio técnico-financiero para la implementación de una planta piloto para la fabricación de biodiesel.
4. Estudio sobre la calidad de los recursos hídricos superficiales en la cuenca del río Pilcomayo y su relación con los impactos de la actividad minera, hidrocarburífera, urbana u otra.